Bilimdeki gelişmelerin her geçen gün daha da artığı günümüzde, Kazım Karabekir İ.Ö.O. bu hıza ayak uydurabilecek, araştıran, sorgulayan bireyler yetiştirmek amacındadır. Öğrencilerine bilimi görerek ve yaşayarak; ezberlemeden sevdirme ve öğrenmelerini sağlamak amacıyla, laboratuarlarını modern aygıt ve düzeneklerle donatarak öğrencilerin gerçekçi deney yapmalarına ve proje çalışmalarına olanak sağlamaktadır.

Kazım Karabekir İ.Ö.O.’de fen derslerinde kullanılan toplam bir laboratuvar bulunmaktadır. Öğrencilerine, proje çalışmalarında deney ortamı sağlayan, bağımsız çalışma, analiz-sentez yapabilme becerilerini ortaya çıkarmayı ve geliştirmeyi hedefleyen bir laboratuvar çalışma ortamı sunmaktadır. Öğrenciler, deneyi yapabilecek bilgi ve beceriyi kazandıktan sonra, deneyin niteliğine göre öğretmenlerinin gözetiminde ikili ya da üçlü gruplar halinde aktif ve planlı bir şekilde çalışırlar.

Öğrencilere deney öncesi bilgi düzeyi ve deney sonrası kazanımlarının değerlendirildiği testler uygulanmaktadır. Öğrencinin laboratuvar ortamındaki akademik ve davranışsal hedeflere uyumu puanlanmakta ve tüm bu çalışmalar öğrencilerin yılsonu başarı notunu etkilemektedir.